Caiff treuliau a lwfansau Aelodau'r Cynulliad eu pennu gan y Bwrdd Taliadau annibynnol sy'n gwneud 'penderfyniadau' ar gyflogau; lwfansau staff, swyddfeydd a gwaith gweinyddol; a hawliadau teithio, llety a chynhaliaeth gan Aelodau'r Cynulliad.
Bydd ymchwiliad newydd yn trafod y ffordd y mae Comisiwn y Cynulliad yn amcangyfrif y gyllideb sydd ei hangen i dalu am y penderfyniadau hyn a sut y caiff unrhyw danwariant ei ddyrannu.
Mae'r Pwyllgor Cyllid yn ymateb i ymrwymiad a wnaed mewn adroddiad ar gyllideb Comisiwn y Cynulliad ar gyfer y flwyddyn ariannol nesaf. Roedd yr adroddiad hwn yn mynegi pryderon bod yr arian a oedd yn weddill ar ôl talu costau a lwfansau Aelodau'r Cynulliad yn cael ei ddefnyddio mewn meysydd eraill o gyllideb y Comisiwn.
Mae'r Pwyllgor am weld mwy o dryloywder yn y ffordd y defnyddir yr arian hwn, a bydd yn cymharu prosesau'r Comisiwn â threfniadau tebyg mewn seneddau eraill.
Dywedodd Simon Thomas AC, Cadeirydd y Pwyllgor Cyllid, "Rydym ni wedi rhybuddio Comisiwn y Cynulliad na allwn osgoi'r cyni cyllidol sy'n effeithio ar sefydliadau eraill yn y sector cyhoeddus, gan gynnwys ein hysbytai a'n hysgolion."
"Felly, mae'n hanfodol bod y Comisiwn yn gallu dangos gwerth am arian ar gyfer pob ceiniog y mae'n ei gwario, ac na ddylai ddibynnu ar danwariant yng nghostau a lwfansau Aelodau'r Cynulliad fel ffordd o reoli ei gyllid ei hun.
"Bydd yr ymchwiliad byr hwn yn trafod y ffordd y mae'r Comisiwn yn amcangyfrif y cyllidebau ar gyfer y flwyddyn nesaf, a sut y mae hynny'n cymharu â modelau tebyg mewn seneddau eraill yn y DU a thu hwnt.
"Byddwn hefyd yn trafod yr hyn sydd yn digwydd, yn ogystal â'r hyn a ddylai ddigwydd, i unrhyw arian sydd dros ben, gan ofyn a yw'r ffordd y mae'r Comisiwn yn darparu gwybodaeth am y defnydd a wneir o unrhyw danwariant yn glir ac yn dryloyw."
Dylai unrhyw un sy'n dymuno cyfrannu at yr ymchwiliad fynd i dudalennau'r Pwyllgor Cyllid ar y we am fwy o wybodaeth.